Однако почти все они имеют недостатки при раннем выявлении злокачественных новообразований. Сложностью является то, что пока нет онкомаркеров со 100-процентной чувствительностью (обязательное выявление даже на ранних стадиях ракового процесса) и со 100-процентной специфичностью (т.е. способностью не выявляться у здоровых лиц и при доброкачественных новообразованиях). Приближение к этим значениям возможно при использовании скринигновых панелей онкомаркеров (т.е. сочетание нескольких различных онкомаркеров). В этом случае достигается 70-80-процентный уровень специфичности и чувствительности исследования.  Онкомаркеры не применимы для скринига бессимптомной группы лиц. В то же их применение вполне применимо для скринига в группах риска, для этого используются альфа - фетопротеин, кальцитонин, ХГЧ-хорионэпителиома, ПСА-простат специфический антиген, СА-125, ROMA, хромогранин А, ProGRP – про-гастрин-секретирующий белок.

Существует при исследовании онкомаркеров такое понятие, как Cutoff (допускаемая верхняя граница концентрации опухолевого маркера у здоровых лиц и пациентов с доброкачественными новообразованиями).  Cutoff не имеет фиксированного значения и может изменяться в соответствии с назначением теста. Для большинства онкомаркеров установлены унифицированные значения Cutoff, которых придерживаются наиболее авторитетные исследователи и производители соответствующих лабораторных реагентов.

Однако, несмотря на сложности с интерпретацией результатов лабораторных исследований с онкомаркерами, есть ряд ситуаций когда без онкомаркеров трудно обойтись.

1. Оценка эффективности противоопухолевого лечения. Снижение уровня онкомаркеров у же на ранних этапах лечения свидетельствует об эффективности лечения и наоборот: при повышение их уровня – о необходимости
2. Мониторирование онкологического заболевания. Это позволяет диагностировать на ранних этапах метастазы и/или рецидивы опухоли на 3-5 месяцев раньше клинических проявлений болезни. После оперативного удаления опухоли исследование онкомаркеров более чувствительный метод, чем результаты компьютерной томографии или эндоскопии
3. Онокомаркеры эффективно показывают нерадикальность оперативного лечения или наличие неудаленных метастазов в ближайшее время после операции.
4.  Уровень онкомаркеров позволяет прогнозировать течение опухолевого процесса.

Рассмотрим наиболее часто применяемые онкомаркеры:

• Альфа-фетопротеин, его повышение наблюдается при опухолях яичка и при раке печени на фоне цирротической печени, гепатитах, дефиците альфа -1- антитрипсина;
• ПСА, простат специфический антиген , его повышение возникает при раке простаты, а также при диспансеризации мужчин старше 45 лет;
• РЭА, раково-эмбриональный антиген , повышение возможно при большом количестве заболеваний (эмфизема легких, активный язвенный колит, алкогольный цирроз, холецистит, полипы прямой кишки, доброкачественные заболевания молочной железы) и при раке различной локализации (желудок, кишечник, легкие, яичник, молочная железа, поджелудочная железа и т.д.)
• Про-гастрин-секретирующий белок (ProGRP)  имеет несомненное значение для выявления мелкоклеточного рака легких у курильщиков на ранних, бессимптомных стадиях
• Раковый антиген СА-15-3 , применяется для мониторинга лечения и диагностики рецидивов рака молочной железы и легких
• Раковый антиген СА-125, назначается для диагностики рецидивов рака яичника, новообразований родовых путей, брюшины, плевры, перитонитов, плевритов, эндометриоза.
• Карбогидратный антиген СА-19-9, применяется для диагностики и мониторинга рака поджелудочной железы, метастазов в поджелудочную железу. Рака толстой кишки и желчевыводящих путей; в сочетании с СА-125 и СА-72-4 – для диагностики и мониторинга рака яичников.
• Карбогидратный антиген СА-72-4, применяется для диагностики и мониторинга немелкоклеточного рака легкого, рака желудка и его рецидивов, мониторинга лечения рака яичников
• CYFRA-21-1, является онкомаркером выбора немелкоклеточного рака легкого и рака мочевого пузыря
• Нейроспецифическая енолаза,  необходим для диагностики и мониторинга рака легкого и енйробластомы.
• Белок S-100,  характерно повышение уровня этого белка при меланомах 3-4 стадии (на 1-2 только в 40% случаев отмечается его повышение);
• Тимидинкиназа, отмечается рост значений онкомаркера в крови при опухолях крови.
• Бета-2-микроглобулин, применяется для мониторинга лечения опухолей крови.
• СА-125 и HE4 по ним рассчитывается риск, может применяться для диагностики злокачественного новообразования яичника в 94-96% случаев
• Хромогранин А, скриниговый маркер в диагностике нейроэндокринных опухолей
• Tumor M2-PK, новый метод ранней диагностики рака толстой кишки.
• SCC, наиболее информативен при раке шейки матки.

При определении уровня онкомаркеров важно помнить, что основным в диагностике любого заболевания, в том числе злокачественных опухолей,  является консультация врача-специалиста, а повышение их уровня – это прежде всего повод к онкологической настороженности и дальнейшему обследованию. Благодаря четкому сочетанию лабораторных и инструментальных скриниговых методов, например, в Японии практически все раки желудка и кишечника диагностируются только на ранних стадиях.